微生信生物
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GUniFrac系统发育距离结合多重距离统群落差异
写在前面系统发育距离介绍在多变量微生物组组成分析中，加权和未加权的 UniFrac distance是测量两种微生物组群体的的最常用方法。UniFrac距离，也被称为未加权UniFrac距离，由Loz
2021 -12-07 群落 -
一条代码带大家绘制交互式+pdf+png等多格式桑基美图
写在前面桑基图挺好看的，用于观察不同门类之间的从属关系，并且绘制很漂亮的结构图，当然可以用于很多个地方。这里我们用微生物组数据的phyloseq对象，很快很方便的为大家构建一个桑基图。所以如果你有ph
2021 -12-07 代码 大家 绘制 格式 -
基于GTDB进行全基因组比对和进化树构建-GTDBtk数据库和工具
写在前面为什么要继续写这个帖子呢？因为gtdbtk更新非常快，同时数据库也在更新，他们之间的匹配关系随着软件的更新也会有不匹配的情况。软件安装参考：刘永鑫老师教程：点击跳转。数据库和工具需要比较大的内
2021 -12-07 基因组 进化树 数据库 -
EasyStat_差异分析完整解决方案（2021.1）
wentao2021/11/02本次更新关键词：显著性标记顺序按照丰度排布EasyStat 使用指南安装R包library(devtools)remotes::install_github("
2021 -11-11 解决方案 -
Qiime2运用与实战
写在前面Qiime2是大佬们集中已有的资源和对扩增子领域的思考而成的一个集成的，一个大杂烩的软件。但是，事实上Qiime也是一个大杂烩，不过是命令的大杂烩，将全部不同功能的命令组合到一起，超过200个
2021 -11-11 生物技术 生信技术 -
将ggClusterNet中计算节点模块化分类ZiPi出图修改为四个分组
2021年10月份更新：之前至少有超过十个朋友让我修改这部分分析，让出图为四个分组，我也承诺会在10月底之前修改完成，现在我已经更新了github包，大家可以使用了。模块内连通度（Zi）和模块间连通度
2021 -11-11 生物技术 生信技术 -
一条代码完成六大微生物分类等级的和弦图绘制
写在前面和弦图展示微生物组丰度等信息比较好看，我带大家来画一画。实战otupath = "./"barpath = paste(otupath,"/circl
2021 -11-11 代码 绘制 -
linkET结合aplot可视化随机森林&相关结果
写在前面之前厚哥有过推文：点击阅读 用于拼接相关分析结果和随机森林结果。非常好看。但是最近有朋友的学生使用了这个代码，发现对于规律的寻找可以有更好的展示。那就是对这些重要的环境变量按照重要程度进行排序
2021 -11-11 生物技术 生信技术 -
MEGAN 提取注释结果没那么简单
MEGAN 提取注释结果之前的提取方法之前对于diamond比对完成后的的daa文件，我都是转化为rma文件，然后提取物种和功能丰度，之前一段时间也没有管，但是最近时间紧张，所以想缩短一点时间，才发现
2021 -11-11 生物技术 生信技术 -
热图如果颜色填充结合背景填充，会怎么样
写在前面热图如果颜色填充结合背景填充，会怎么样，有没有什么可以使用到突出的地方来表达含义。#-------用R语言画几张有意思的图形set.seed (78888)rectheat = sample(
2021 -10-18 热图 颜色 背景
