恙虫病在中国再度复燃,已成为威胁居民健康的重要公共卫生问题。恙虫病的传播规律与恙虫病东方体的流行株密切相关。恙虫病东方体的血清型和基因型众多,但型别间的进化动力学和传播规律的研究甚少。近几十年来,国内学者不断发现和证实新的疫源地和基因型别,对恙虫病东方体膜蛋白,尤其是Ot-Sta56生物学特性进行了深入研究。广州缺乏恙虫病本地化完整证据链。本研究拟从病例、宿主、恙螨三个层面开展病原分离,血清学检测和基因测序,建立分子生物学信息库;利用松散分子钟基于GTR模型的MCMC贝叶斯方法推断最大分支可信(MCC)树,估计恙虫病东方体进化率,明晰广州市恙虫病东方体进化动力学过程,为恙虫病的预防和控制提供科学决策的依据。现以发现恙虫病东方体有30多个抗原蛋白,如22KDa、47KDa、49KDa、56KDa、58KDa、72KDa、110KDa等。其中56KDa是恙虫病东方体细胞表面主要富含的具有型特异性和强抗原性,又可产生型特异型保护作用的抗原,而备受学者关注。其蛋白分子的差异主要在于4个可变区的不同,可变区内存在着株特异性位点,是某些株特异性单克隆结合位点。Stover曾报道Karp株56KD蛋白分子上有一抗原表位可与Karp株特异的单克隆抗体反应,这一表位由A-D-S-V-G-K-D组成,位于VDⅠ区118-135aa之间。56KD抗原基因的研究结果为深入探索恙虫病东方体各株之间的关系提供了依据。到目前为止,世界各地已从患者、媒介及啮齿动物中分离到百余株恙虫病东方体,公认的标准型为Karp、Kato和Gilliam3个血清型,但泰国、日本、韩国等分别发现了新型株。分子生物学方法更加提高了分类的精确性。恙虫病东方体多用56kD的菌株表面蛋白基因作为分析对象,并且发现了新的基因型,即除6株原型株Karp、Kato、Gilliam、TA763、TA678、TA716外,又发现多株新基因型Kawasaki、Kuroki、Shimokoshi和Bolyong株,南韩发现Yonchon株,台湾发现TaiwanGilliamvariant(TG-v),中国发现类似Kawasaki(江苏株)和Yoncllon(山西株)的基因型。日本学者Ohashi]等利用PCR/RFLP分析发现了Gilliam有1个亚型JapaneseGilliam(JP),Karp有2个亚型JapaneseKarptype-1,2(JP-1,JP-2),Kuroki有2个亚型(KR-1,KR-2)。并对Gilliam、Karp、kuroki等株间56KD基因序列的同源性分析发现,Gilliam、Karp、kuroki株核苷酸水平的同源性为86%-89%,Kawasaki与Gilliam、Karp、kuroki株间序列有较高的同源性,Shimokoshi株与其它株的同源性最低,除与Shimokoshi株外,Kato株其它株都有中等程度的亲缘关系。Sonthayanon等最近的研究发现,恙虫病东方体既高度的多样性([Simpson’sindex(95%CI)=0.95(0.92–0.98),又既有很强的同源重组性,研究还发现25%的病人存在多个不同型别的恙虫病东方体共同感染。日本学者Satoru等采用贝叶斯马尔科夫链蒙特卡洛(MCMC)模拟技术为算法构建出恙虫病东方体sta56基因、groES基因、groEL基因的进化动力学过程,推测不同株的恙虫病东方体DNA基因组存在重组现象,并认为恙虫病东方体的进化史和传播动力比想象中要丰富而复杂得多。目前贝叶斯方法基于MCMC算法研究恙虫病东方体进化动力尚处于起步阶段,中国在该方面的研究甚少,本次研究将实现恙虫病研究在统计方法和应用实践中的突破。