升级版!高通量基因表达数据与生物通路整合数据库EXPath 2.0,请收藏

基因表达数据技术 整合数据库技术
eplants    2021-01-26    1079

2020年9月8日,Plant and Cell Physiology 在线发表了题为 EXPath 2.0: An Updated Database for Integrating High-Throughput Gene Expression Data with Biological Pathways 的研究论文,公布了最新的将高通量基因表达数据与生物通路整合的数据库。
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共同表达的基因往往具有调控关系,参与类似的生物过程。从微阵列或RNA-seq表达数据构建基因相关网络已被广泛应用于研究特定条件下的转录调控机制和代谢途径。此外,由于转录因子是基因表达的关键调控因子,研究共同表达基因启动子上的TFs是非常重要的。虽然从先前的资料 (如EXPath和EXPath Tool)中可以很容易地识别出共表达基因及其相关的代谢途径,但这一信息并不能同时用于识别其调控TFs。

EXPath 2.0是一个最新的数据库,用于研究多种植物代谢途径的调控机制,拥有1881个微阵列和978个RNA-seq样本。

EXPath 2.0有6项重大改进:
 (i) 物种数从3个增加到6个,包括拟南芥、水稻、玉米、苜蓿、大豆和番茄;           (ii) 增加了不同发育阶段的基因表达;
(iii)可以根据一组基因建立相关的调控网络;
(iv)可获得丰富的GO项的层次图;
(v) 提供某一代谢途径或相关网络中的基因启动子分析;
(vi) 用户自己的基因表达数据可以上传分析。
因此,EXPath 2.0是研究特定条件下基因表达谱和代谢途径的整合平台。它便于使用者了解植物生物过程的调节机制。

新版本可以在http://EXPath.itps.ncku.edu.tw下载
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