1、项目纽带合作模式，它是比较松散的合作模式，主要特点是企业、大学、科研院所以具体项目为纽带，签订合作协议，建立合作关系，项目完成，合作即解散。这种合作模式主要由三种具体形式：技术转让模式、项目委托模式、联合研发模式。
2、建设平台合作模式，这是一种关系比较紧密的合作模式，其特点是企业、大学、科研院所共同投入资源建立平台，以平台为主体进行科学研究。具体形式有共建科研基地模式和衍生企业模式。
3、产业技术联盟合作模式，他由企业和科研机构围绕创新技术创制、共性技术攻关组建相应的产业技术联盟，集中优势力量实现产业技术创新，共担风险，共享利益。具体模式有契约产业技术联盟方式和实体产业技术联盟方式。