1、首次发现亚热带地区云南边防重要传染病地理分布、流行情况，提出了预防措施。2、利用HCV感染HepG2、HEK293T细胞模型，首次发现F蛋白通过活化NF-kB信号途径，导致细胞凋亡；首次发现E2蛋白通过激活p38MAPK信号途径，诱导细胞瞬时表达DC-SIGN是病毒致病的新分子机制。率先开展了对HCV高变区模拟表位的交叉免疫反应性研究，获得了抗HCV的抗原表位，应用这些歌舞设计的疫苗免疫BALB/c小鼠血清，发现有高效交叉免疫保护作用。首次应用TNFa诱发DHBV雏鸭建立了重型肝炎动物模型，阐明了TNFa引起重型肝炎的分子机制，为临床防治提供了理论依据。3、首次基于RNAi技术研发出重大传染病HBV/HCV/FMDV等病毒核酸定量检测技术，有效的解决了重大传染病早期诊断、疗效评价缺乏灵敏、准确的核酸定量检测技术的难题，临床确诊率达到99%以上。为临床治疗方案的制定提供了可靠的依据。4、首次将RNAi技术应用于抗重大传染病FMD等治疗的系列研究，这一工作引发了国际上病毒学家的关注在英国免疫学动态杂志发表了专门评价和后续研究(TRENDSinImmunol.26(2):65-68，2005)，并出版了国内第一部专著被广泛推广应用。5、建立了全基因组PoIFN-α多基因家庭系统发育树，首次揭示了各亚型之间的进化关系；对PoIFN-α蛋白分子C端的进化速率分析和选择分析，首次发现C末端缺失不是亚型向假基因进化的标志，而是在基因组中保持进化优势；首次发现6条功能基因编码蛋白在C末端出现了8个氨基酸缺失；首次发现完整的PoIFN-α亚型抗病毒活性比C末端缺失的亚型迥15-55倍；首次发现PoIFN-α是抗病毒蛋白疫苗强效佐剂可激发有效免疫应答；首次发现8条IFN-ω功能基因和4条假基因定位在1号染色体；首次提出了个体化优化IFN-α联合复方丹参注射液促肝细胞生长素综合治疗策略。6、从滇产狭叶红景天提取分离得到12个抗HCV活性有效成分的化合物，首次发现4个结构鉴定为表儿茶素衍生物抗病毒活性最强，部分完成了抗HCV新药的药效学研究；从滇产黑蕊虎耳草提取分离鉴定得到18个化合物，首次发现6个化合物高效抗HCV活性有效成分，获得了抗HCV2个候选药物，正在进行临床前研究。该项目在《TRENDSImmunol》、《JVirol》、《HepatolRes》、《AntiviralRes》等国内外刊物发表论文80篇，其中SCI论文43篇，部分研究成果得到了国际上同行专家的认可。获5项国家发明专利；科学出版社出版专著1部，培养了大批专业人才。研究成果在全国50余家单位推广应用，获得经济效益9159万元，产生了显著的经济效益和社会效益。项目在该研究领域有重大创新，整体上达到了国际先进水平，部分研究成果达到国际领先水平，推动了传染病学科领域的科技进步。